Сотрудники Пинского погранотряда охраняют почти 25 км водного участка Госграницы. Это озеро Белое в Дрогичинском районе, реки Отнога, Стахода, Простырь, Припять в Пинском районе и Горынь в Столинском. Как правило, на реках граница проходит по их фарватеру, правый берег — белорусский, а левый — украинский.
На вооружении военнослужащих Пинского погранотряда для охраны водной части Госграницы состоят современные жестко-надувные катера, способные развивать скорость до 70 км/ч. Они вмещают пять человек, их грузоподъемность — до полутонны и они позволяют выполнять задачи в тех местах, куда колесная техника просто не доберется.
Основные задачи пограничников при охране водных участков границы — не допустить незаконного ее пересечения людьми и контрабанду. В 2017 году сотрудники Пинского погранотряда с применением моторных лодок задержали порядка 10 нарушителей пограничного законодательства. Нередко обнаруживают и случаи браконьерства — незаконной ловли в пограничной зоне или полосе. Поэтому погранотряд тесно взаимодействует и с Госинспекцией по охране животного и растительного мира.