Нерестится налим небольшими стайками, состоящими из самки и нескольких самцов. Икрометание происходит при температуре воды около 1-3 градусов. При сильных морозах нерест протекает активнее, при оттепелях растягивается на месяц и более. Плодовитость налима очень высокая, у особей крупных размеров достигает миллиона икринок. Но несмотря на это выживаемость икринок и личинок мала. Большое количество икры поедается другими рыбами, а часть и самим налимом.
За добычу налима обыкновенного в сроки запрета на его вылов предусматривается административная ответственность в виде штрафа до 50 базовых величин либо уголовная, если будет добыто более трех особей этого вида. Кроме того, за каждую пойманную особь налима в период нереста придется выплатить 27 базовых величин (661,5 рубля) в качестве возмещения причиненного природе вреда.