Юрий Вернидуб родился 22 января 1966 в Житомире.
Дебютировал в профессиональном футболе во второй лиге СССР – в житомирском «Спартаке» в 1983 году. Играл за «Колос», «Прикарпатье», «Металлург» и др. клубы. Завершил игровую карьеру в российском «Зените», с которым выиграл Кубок России 1998/99.
Юрий Вернидуб начал тренерскую карьеру в штабе Мирона Маркевича в запорожском «Металлурге». Самостоятельно стал работать в «Заре» в 2011-м.
В должности главного тренера луганской команды Юрий Николаевич выходил в финал Кубка Украины (2015/16), становился бронзовым призером украинской премьер-лиги (2016/17), дважды участвовал в групповом этапе Лиги Европы УЕФА (2016/17, 2017/18).
Дважды признавался тренером года в Украине.
В розыгрыше чемпионата Беларуси по футболу «Шахтёр» идёт на третьем месте, имея в активе 59 очков. Вторую строку занимает БАТЭ (61), первую – брестское «Динамо» (68).
