Филипенко дебютировал за БАТЭ еще в 2006 году, после чего перебрался в московский «Спартак» (2008-09), а оттуда в аренду - в российские «Томь» (2009) и «Сибирь» (2010).
В 2011 году игрок вернулся в борисовский клуб. Вместе с ним он участвовал в трех групповых стадиях Лиги чемпионов (2011/12, 2012/13, 2014/15) и двух противостояниях в рамках 1/16 финала Лиги Европы (2010/11, 2012/13).
В начале 2015 года футболист подписал соглашение с испанской «Малагой» (2015), после чего выступал также за израильские «Маккаби» (2016-17) и «Ашдод» (2018).
Будучи игроком БАТЭ, Филипенко шесть раз становился чемпионом страны, дважды выигрывал Суперкубок. Кроме того, спортсмен признавался лучшим защитником национального первенства (2013, 2014).