Сообщение об отставке Онищенко опровергли

27 октября 2008 года Геннадий Онищенко запретил регионам использовать для профилактики гриппа вакцину "Грифор", зарегистрированную Росздравнадзором. Как отметил Роспотребнадзор, вакцина гриппозная инактивированная расщепленная "Грифор" не прошла полноценный контроль по всем параметрам, необходимым для разрешения препарата к массовому применению.

30 сентября 2008 года Геннадий Онищенко ввел запрет на все пищевые продукты китайского производства, содержащие молоко. Такое решение было принято из-за случаев отравления детей на территории КНР молоком с содержанием меланина, а также в связи с отсутствием официальной информации от Китая.

19 июня 2008 года Геннадий Онищенко выпустил постановление, запрещающее использовать хлор при охлаждении куриных окорочков, филе, ножек и другой птицеводческой продукции.

24 августа 2007 года Геннадий Онищенко запретил использование метилового спирта в средствах по уходу за автотранспортом. Запрет был введен в целях предупреждения отравлений среди населения метанолом.

С 7 мая 2006 года был введен запрет на поставки из Грузии минеральной воды "Боржоми", а с 10 мая - "Набеглави". Как отметил Геннадий Онищенко, в результате проводимых проверок были отмечены факты реализации населению минеральной лечебно-столовой воды, не соответствующей установленным показателям качества и безопасности, а также с маркировкой, не отвечающей обязательным требованиям к информации для потребителей.
В мае 2013 года Роспотребнадзор снял эмбарго на поставки грузинской минеральной воды "Боржоми".

27 марта 2006 года был введен запрет на поставки в Россию вин из Грузии, а также Молдовы в связи с выявленными нарушениями санитарных норм. По данным главного санитарного врача Геннадия Онищенко, в грузинских и молдавских винах были обнаружены тяжелые металлы и наличие пестицидов.
Молдавская винодельческая и коньячная продукция вернулась в Россию в ноябре 2007 года, а 10 сентября 2013 года Геннадий Онищенко заявил о том, что поставки молдавской винодельческой продукции вновь приостановлены из-за претензий к качеству.
Экспорт в Россию грузинских вин и коньяков возобновился в июне 2013 года.

14 марта 2006 года Геннадий Онищенко сообщил о запрете в 2006 году охоты на диких птиц в России из-за угрозы распространения птичьего гриппа.

18 января 2005 года Геннадий Онищенко подписал постановление о запрете ввоза на территорию России в целях предотвращения массовых отравлений продуктов с содержанием консервантов Е216 (пара-Оксибензойной кислоты пропиловый эфир) и Е217 (пара-Оксибензойной кислоты пропиловый эфир, натриевая соль). Ранее в России эти пищевые добавки были включены в перечень не оказывающих вредного воздействия на здоровье человека.